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吉林出入境检验检疫局由原吉林进出口商品检验局、长春动植物检疫局和长春卫生检疫局合并组建，于1999年11月正式挂牌成立。是主管吉林省出入境卫生检疫和进出境动植物检疫，以及进出口商品检验、鉴定、认证和监督管理的行政执法机构，直属国家质量监督检验检疫总局领导。