由于明（成祖以后）、清两代相继建都北京，所以明、清两朝和元朝一样竭力维护京杭大运河的通航，运河沿岸屡次出现了繁荣景象。清朝康、雍、乾三朝鼎盛时期，在大力治理京杭大运河的同时，又大治黄河，所以在清中期黄河、淮河和运河一度相安无事，确保了水运的畅通。及至乾隆后期，尤其嘉庆、道光以后，中国开始陷入内忧外患的境况，也因而疏于河工，致使大运河艰涩日甚一日。

咸丰五年（1855年），黄河在铜瓦厢决口北徙，冲垮张秋镇运堤，挟汶水走大清河至利津入海，安山以北运河因此干涸。同治（1862—1874）年间漕粮改以海运为主，仅十分之一仍由河运。光绪二十七年（1901年），漕粮全部改折，漕运停办，历代朝廷所苦心经营的京杭大运河漕运从此日薄西山，大运河日趋残破。

民国初年，北京通州的通惠河，河道犹存，但缺水断航，船舶早已绝迹。

山东境内的鲁运河，黄河以北一段，先前借黄济运，泥沙大量沉积，河床早已淤塞；黄河以南一段，水源尚较充足，但闸坝多已废圮，调剂水源已有困难，致使半数河道淤塞，剩下的另一半仅能勉强维持小型船只通航。

江苏淮阴至扬州的里运河，所经为平原地区，湖泊广布，河网密集，水源较为稳定，千担以下民船可畅通无阻，吃水较浅的汽船可往返行驶。

长江以南的江苏运河，除江苏镇江京口常受江潮冲击、浙江杭州钱塘江江岸常受海潮侵扰外，其余河段水源丰富，可以终年航行无阻。

4. 2006年5月12日，在北京运河南新仓遗址，全国政协“大运河保护与申遗”考察团一行50余人从这里出发，开始了新世纪以来对京杭大运河最大规模的一次全程考察。记者随团考察了京杭大运河沿线部分河段。一路行来，记者深刻感受到，运河保护与申遗之难，关键难在经济运河与文化运河的纷争与平衡。 

河北省廊坊市是大运河出北京后流经的第一座城市，全长21.6公里的大运河廊坊段承担着北京和廊坊两地洪水下泄和污水排放的双重功能。由于20世纪70年代初海河整治时对这一段进行了裁弯取直，河水流速加大，导致运河两岸坍塌严重，其中曹店村段坍塌长800米、宽80米，河岸距村民住房不足50米。 

〖＝2〗运河天津段与廊坊段功能基本相似，由于上游和本地污水下泄，加上缺乏其他补充水源，天津和廊坊段运河自净能力较弱，部分河段常年为五类甚至劣五类水质。在黄河以北的大运河许多河段，污染、坍塌甚至干涸的状况较为普遍，人们在这些河段已经很难感受到运河文明的伟大。 

三千里大运河纵贯南北，其河床的历史最高点位在山东济宁的南旺镇。明朝初年，为解决运河水源丰歉不均、船舶至此无法通过的问题，民间治水专家白英献策，建造了著名的南旺水利枢纽工程，从大汶河引水济运河。汶河水经南旺分水闸分流，三分往北流、七分往南流，因此留下了“三分朝天子、七分下江南”的传奇，并保证了这段运河“水脊”常年顺利通航。 

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